Hay proteínas que son directamente responsables de la fisiología - de la visión, respiración, digestión, olfato.

Hay otras proteínas, como Pax-6, que son el kit de herramientas que regulan la forma- controlan el número, tamaño y aspecto de las partes del cuerpo, así como la identidad de las células en el cuerpo.

En general, una mutación en el kit de herramientas tiene consecuencias catastróficas, por lo que no son heredadas.

Una consecuencia importante de esto es que la evolución de la forma se da con cambios en las proteínas que regulan el uso del kit de herramientas.

Como ejemplo, la sección del gen Pax-6 encargada de construir un ojo, es casi idéntica en el humano, en la mosca de la fruta y en el ratón.